12 Stones został założony w 2000 w Mandeville (Luizjana), na północnych przedmieściach Nowego Orleanu. Początkowo w skład zespołu wchodzili Paul McCoy (wokal), Kevin Dorr (gitara basowa), Eric Weaver (gitara) i Patrick Quave (perkusja), który został później zastąpiony przez Aarona Gainera.

Debiutancki album 12 Stones został wydany w 2002 (wyprodukowany przez Jaya Baumgardnera). Zespół zyskał większą sławę, gdy wokalista McCoy został zaproszony do wykonania utworu Evanescence "Bring Me to Life" wraz z Amy Lee. Piosenka została umieszczona w albumach Fallen zespołu Evanescence i w soundtracku do filmu Daredevil. McCoy powiedział: "Nasze utwory mówią o naprawdę trudnych czasach, w których dorastałem, jako dziecko.” I dodaje "Naprawdę chciałem trafić w sedno, aby dzieci, które żyją w tych trudnych czasach, były blisko związane z naszymi piosenkami, aby pomogły im one przejść przez ten czas. To nie znaczy, że musisz być zły, pisząc tak mocne utwory. My po prostu chcemy strumień negatywnej energii zmienić w pozytywną.”

W 2004 Kevin Dorr opuścił grupę i gitarzysta trasowy Greg Trammell stał się wkrótce oficjalnym członkiem zespołu.

Ich drugi album, Potter's Field, ujrzał światło dzienne w 2004. Oba albumy były wspierane przez gitarzystów heavymetalowych. Clint Amereno i potem Aaron Hill byli zapraszani do gry podczas tras koncertowych. Po zakończeniu trasy grupa zadecydowała o zrobieniu przerwy od występów, aby spędzić więcej czasu ze swoimi rodzinami.

Trammell odszedł przed nagraniem następnego albumu, zostawiając zespół bez drugiego gitarzysty. Po ukończeniu CD, jeden z ich współpracowników, eksgitarzysta Breaking Point Justin Rimer, zajął jego pozycję. Nowy skład został jeszcze uzupełniony przez dodanie DJ Stange, byłego gitarzysty basowego grupy Presence.

Trzeci album 12 Stones, Anthem for the Underdog, został wydany w 2007. Inspiracją do powstania utworów była katastrofa wywołana przez huragan Katrina w mieście rodzinnym artystów.

Krótko po wydaniu krążka Stange odszedł i został zastąpiony przez Shawna Wade'a, który przyszedł z zespołu Silence Is Broken.

Kolejny album przygotowywany był na jesień 2009 roku.